UT genome browser の開発を Windows/Cygwin で行う為の手順

UTGB 開発者向け解説は一応一通り読んでおくべき。

シンボリックリンクその他を使う関係上、Windows では Cygwin が無いとちゃんと開発できない。（Javaベースなので本質的には必要ないんだろうけど周辺スクリプトが動かないのだ。）あと、Mercurial は既にシステムに入っていて PATH も通っているものとする。JDK は既にインストールしてあって JAVA_HOME 環境変数も適切に設定されているとしよう。Maven もあらかじめインストールして環境変数 M2_HOME を正しくセットしておく必要がある。あ、antも多分必要なのでインストールして下さい。ant, mvn, java は全部 PATH が通っている状態にしておく必要がある。（と私は認識しています。）

準備が一通り済んだら UTGB のコードをリポジトリから落としてこよう。SSD 推奨だそうなので私は J:\utgb を作りました。Cygwin のプロンプトから

$ hg clone https://utgb.googlecode.com/hg utgb
$ cd utgb
$ make clean install

とし、（Cygwin/bashで)ログインしたときに環境変数が設定されるように .bashrc に以下の内容を追加しておきましょう。

$ export UTGB_HOME=$HOME/local/utgb/current
$ export PATH=$UTGB_HOME/bin:$PATH

次に（入れていない人は） eclipse を入れましょう。今なら Indigo が手間が少なくておすすめです。Helios 以前のバージョンだと maven-plugin を別に入れる必要があるので以下の説明通りには行きません。ダウンロードページはこちら。
いくつか選択肢がありますが、私は Eclipse IDE for Java EE Developers を使っています。こちらも J:\ に展開しました。(SSD領域）ワークスペースも SSD 上にあると嬉しいので J:\workspace にワークスペースを設定しました。Google Web Toolkit も入れましょう。Help=>Install New Software からダウンロード用の URL こちら　を打ち込んで GWT をインストールします。

最後に eclipse で、File=>Import から Maven=>Existing Maven Projects を選択し、(utgb-toolkit), utgb-core, utgb-shell をインポートします。Maven のエラーが色々出ますが、開発者に聞いたところ今のところ全部無視して開発して良いらしいです。

※9/26 18:40追記 Maven は 3.x 系列でないと動かないかも、だそうです。