2011-07-01から1ヶ月間の記事一覧
構造多型を見るのになんで de novo assembly？という声が聞こえてきたので読んでみることにした。いや、参照ゲノムへのアラインメントって結構不完全だったりするので de novo assembly＋アラインメントで比較、というパイプラインで動作するんだったらそっ…
言わずとしれた ION torrent の論文。論文には新しいことは何も書いてないよ、という話だったんですが、誰かに ION torrent を紹介するときに「あのデータはこのペーパーにあるよ」と言えると楽なので一応何が載ってるかは読んでみることにした。CMOSのISFET…
RNA-seq についてのレビュー。レビューのレビューを書いてもしょうがないのだが、メジャーな RNA-seq 解析ソフト一覧が載っているし、そこそこわかりやすい解説なので RNA-seq を始める人はこのペーパーから読んでも良いのだろう。出版時期の関係で Trinity …
何かの病原体に感染した細胞を直接ショットガンシークエンシングして直接病原体のRNA配列を検出しましょう、というお話。 血清と違って細胞を潰すとホストのRNAがバックグラウンドとしてガッツリ（9割以上とか）でてくるのでそれをどうやって減らすかが課題…
