論文レビュー
Velvetをベースに色々並列化を頑張った論文。基本の並列化はMPIなのでノード間並列を使える。性能評価に 36bp の短いリードを使っていることと、Velvet は長いリードが（競合他社製品と比べて）不得意なので最近の HiSeq のデータでどれぐらい良いかは自分で…
RNA-seq についてのレビュー。レビューのレビューを書いてもしょうがないのだが、メジャーな RNA-seq 解析ソフト一覧が載っているし、そこそこわかりやすい解説なので RNA-seq を始める人はこのペーパーから読んでも良いのだろう。出版時期の関係で Trinity …
何かの病原体に感染した細胞を直接ショットガンシークエンシングして直接病原体のRNA配列を検出しましょう、というお話。 血清と違って細胞を潰すとホストのRNAがバックグラウンドとしてガッツリ（9割以上とか）でてくるのでそれをどうやって減らすかが課題…
Fluorogenic DNA sequencing in PDMS microreactors をざっと流して読んでみた。シークエンサーの原理としては454にやや似ている。 DNA増幅：する(約5000分子/クラスター) 塩基検出手段：蛍光 色数：１色（A, C, G, T でサイクルさせる） 蛍光検出手段：CCD…
