Parallelized short read assembly of large genomes using de Bruijn graphs

Velvetをベースに色々並列化を頑張った論文。基本の並列化はMPIなのでノード間並列を使える。性能評価に 36bp の短いリードを使っていることと、Velvet は長いリードが（競合他社製品と比べて）不得意なので最近の HiSeq のデータでどれぐらい良いかは自分で使ってみないと分からないな・・・。