UTGB 開発者向け解説は一応一通り読んでおくべき。シンボリックリンクその他を使う関係上、Windows では Cygwin が無いとちゃんと開発できない。（Javaベースなので本質的には必要ないんだろうけど周辺スクリプトが動かないのだ。）あと、Mercurial は既にシ…

GlusterFS を /etc/fstab に書いてマウントしようとするとなにげに面倒。 チュートリアルに書いてあるように /etc/fstab に記述すると glusterd が立ち上がるより先にマウントしようとしてコケてしまう。(Scientific Linux 6 (RHEL6クローン)使用。)ならば、…

MX_RCACHE 環境変数でメモリ位置のキャッシュを使った高速化をするかどうか設定できる。 詳しい話はこのへんを見てください。 0 ... 高速化しない 1 ... 高速化する（mallocチェックあり、デフォルト） 2 ... 高速化する（mallocチェックなし）

Velvetをベースに色々並列化を頑張った論文。基本の並列化はMPIなのでノード間並列を使える。性能評価に 36bp の短いリードを使っていることと、Velvet は長いリードが（競合他社製品と比べて）不得意なので最近の HiSeq のデータでどれぐらい良いかは自分で…