他のこまごまとしたトピックとしては、私が生クレイグ＝ベンターをはじめて見た話、リニアな参照ゲノムでは限界があるのでグラフ型参照ゲノムを解析できるツールとエコシステムを作ろうという GRC などのグループからの提案、米国の Precision Medicine の宣…

AGBT2015 は PacBio がゴールドスポンサーでした。それは PacBio にとって今が経営的に勝負時であり、かつ、PacBio の有用性が大きく高まったタイミングでもあるからです。Oxford Nanopore のようなその他の１分子ロングリードシークエンサー、BioNano Irys …

さて、肝心の発表内容に触れたいと思いますが、今年はここ数年の中で最もビッグニュースの少ない年でした。これは、Illumina が新製品の発表を AGBT ではなく、１月の JP モルガンヘルスケアカンファレンスに持ってくるようになったことや、Oxford Nanopore …

この記事は某所のニュースレターとクロスポストです。今年２月の下旬にアメリカ合衆国のフロリダ州マルコアイランドで開催されたAGBT2015に参加してきましたので、参加の感想を書きたいと思います。この会議は名前の通り、ゲノムやバイオテクノロジーに関す…

起動時に GlusterFS を用いたファイルシステムをマウントしたい人は /etc/fstab に書いてね、ってドキュメントには書いてあるのだが、私の環境では諸事情によりその方法では動かない。（主に GlusterFS をイーサネット経由ではなく IPoIB 経由で使っているせ…

AGBT2014に参加してきました。AGBTでは様々なゲノムに関わるテクノロジーがよく新発表される会議です。新型のＤＮＡシークエンサーなんかがよくこの会議で発表されています。AGBT2014のまとめは英語圏の blog では一杯ありますが、日本語のものはあまり無か…

Papers2 を Windows で使おう、それも日本語の MS-Word 上で使おう、なんて人は凄く少ないのではないかとも思いますが、やってみたらいろいろバグって使い物にならなかったので、見つけた回避策を書いてみます。 本家には既にバグ報告してあちらで再現できた…

LSI の RAID カードをコントロールするコマンドラインユーティリティ MegaCLI とDELL の OMSA で rpm パッケージが衝突していて困った。どうやら別々の rpm パッケージで同じファイルを梱包しているのが問題らしい。ファイルをよく観察したところ、LibUtils …

メールボックスの Quota 溢れのためメールを IMAP サーバーからローカルに落としまくったのだが、ローカルで検索が速いソフトが無くて結構困っていた。検索できないならローカルに落としたくない。色々探したら MailStore というソフトが結構便利そうなんだ…

ほとんど自分用の備忘録だが書いておく。まず、大前提として IPMI を使ってリモートからサーバーの状態を確認orコントロールするためには BIOS の設定画面から IPMI 用に IP を振ったりユーザーやパスワードを予め登録しておく必要がある。これはもう済んで…

brick のディレクトリに誤って GlusterFS をマウントしてしまう人が跡を絶たないので、FUSE でマウントする時にそのマウントポイントが brick になっていないかどうかをチェックするという仕様になったのだそうだ。そして、brick かどうかのチェックには拡張…

GlusterFS 3.2.x で "transport-type rdma" の設定をすると動作がおかしくなることが偶にあるようである。本家のフォーラムで、3.2.x あたりから rdma の設定はちゃんとテストされていないから動いていないかも、将来的には直すよ的な発言が出ていたので rdm…

諸事情によりGlusterFS 3.2.x から 3.3.x へのアップグレード方法(英語)を実行することになったので日本語訳を作った。以下の段落は全て元 blog 記事の日本語訳です。日本語としてなるべく自然になるように意訳多めです。括弧（）の中の内容は全て訳注です。…

IBMが作っている X10 という並列計算向けの言語があるんだけれども、これが結構面白い。MPIでガリガリ書くのと比べるとゲノム解析との相性がずいぶん良さそうだ。いくつか不満点があるのでメモがわりに並べておく。async の実装がタスクスチールではなくタス…

Papers2 を日本語 Windows で使っていると Windows の言語設定に応じて引用スタイルを勝手に日本語に変換されてしまうことがある。例えば Foo et al. と書きたいときに (Foo 他 2012) とか、[Foo and Bar 2012] って書いて欲しいのに [Foo と Bar 2012] とか…

共同研究者から Excel でデータが来ても困らないようにPython で Excel のデータを読み込む系を昔作ったので参考までにメモ。https://gist.github.com/2359207:こんなコードでセルの色や右寄せ左寄せ、フォント情報などが得られるので、ありとあらゆる機械判…

Infiniband のスピードを計測しようと思い立って計測してみた。（以前にも測ってはいたんだけど結果を忘れたので。）マシンは Xeon 5650×2 に QDR のカードを挿してスイッチ１段経由で接続（メーカーは全部 Mellanox）、OS は Scientific Linux 6.1 です。 …

前回試してから時間が立ったので現状チェックのために msgpack-idl を試してみることにした。テストマシンにはそもそも Ruby が入っていなくて bootstrap スクリプトが実行できなかったのでまず Ruby をインストール。楽なのでLPMを使ってインストールしたが…

UTGB 開発者向け解説は一応一通り読んでおくべき。シンボリックリンクその他を使う関係上、Windows では Cygwin が無いとちゃんと開発できない。（Javaベースなので本質的には必要ないんだろうけど周辺スクリプトが動かないのだ。）あと、Mercurial は既にシ…

GlusterFS を /etc/fstab に書いてマウントしようとするとなにげに面倒。 チュートリアルに書いてあるように /etc/fstab に記述すると glusterd が立ち上がるより先にマウントしようとしてコケてしまう。(Scientific Linux 6 (RHEL6クローン)使用。)ならば、…

MX_RCACHE 環境変数でメモリ位置のキャッシュを使った高速化をするかどうか設定できる。 詳しい話はこのへんを見てください。 0 ... 高速化しない 1 ... 高速化する（mallocチェックあり、デフォルト） 2 ... 高速化する（mallocチェックなし）

Velvetをベースに色々並列化を頑張った論文。基本の並列化はMPIなのでノード間並列を使える。性能評価に 36bp の短いリードを使っていることと、Velvet は長いリードが（競合他社製品と比べて）不得意なので最近の HiSeq のデータでどれぐらい良いかは自分で…

Red Hat Enterprise Linux 6, CentOS 6, Scientific Linux 6 などのいわゆる RHEL6 系の OS に GlusterFS を入れる手順を備忘録的に書いてみる。FUSEを使う人は(普通使うと思いますが)、fuse, fuse-libs を入れる。(私の場合には元から入っていた。) # yum i…

自分用の備忘録も兼ねて ~/.screenrc を晒してみる。 escape "^_^_" defc1 off defscrollback 2000

C/C++のプログラムが segmentation fault を起こしたときに自動で gdb を attach してスタックトレースを表示したいなぁ、と思ったのでそんなことをするライブラリを作ってみた。使い方は簡単。stackdump.hをincludeして、mainの頭で GDB_On_SEGV hogehoge(a…

構造多型を見るのになんで de novo assembly？という声が聞こえてきたので読んでみることにした。いや、参照ゲノムへのアラインメントって結構不完全だったりするので de novo assembly＋アラインメントで比較、というパイプラインで動作するんだったらそっ…

言わずとしれた ION torrent の論文。論文には新しいことは何も書いてないよ、という話だったんですが、誰かに ION torrent を紹介するときに「あのデータはこのペーパーにあるよ」と言えると楽なので一応何が載ってるかは読んでみることにした。CMOSのISFET…

RNA-seq についてのレビュー。レビューのレビューを書いてもしょうがないのだが、メジャーな RNA-seq 解析ソフト一覧が載っているし、そこそこわかりやすい解説なので RNA-seq を始める人はこのペーパーから読んでも良いのだろう。出版時期の関係で Trinity …

何かの病原体に感染した細胞を直接ショットガンシークエンシングして直接病原体のRNA配列を検出しましょう、というお話。 血清と違って細胞を潰すとホストのRNAがバックグラウンドとしてガッツリ（9割以上とか）でてくるのでそれをどうやって減らすかが課題…

Scientific Linux 6 に DELL Open Manage Server Admin (Dell OMSA) を入れてみることにした。というか、いつも入れてるんだけどわやり方を忘れるからメモする。こっちの Wiki を参考にしながら、 # wget -q -O - http://linux.dell.com/repo/hardware/lates…