Fluorogenic DNA sequencing in PDMS microreactors をざっと流して読んでみた。シークエンサーの原理としては454にやや似ている。 DNA増幅：する(約5000分子/クラスター) 塩基検出手段：蛍光 色数：１色（A, C, G, T でサイクルさせる） 蛍光検出手段：CCD…

ICPC2011 World Finals問題をざっと読んで解法予想。 仕事山積みなので、各問題の制限時間は３分で考えてみた。 問題A 最短かつ lexicographically first を求めるのでおそらく iterative deepening。 問題B ３点の対応関係を 2 通り固定してごり押し。 問題…

Windows で Boost をビルドしていたんだけど、ビルドディレクトリーが深すぎるとエラーが発生してしまう。生成に失敗したと言われたファイル名を touch してみると作れないので、パス名の最大長に引っかかったんだろう。61文字のパスをビルドディレクトリに…

BOOST_MPI_HOMOGENIUS を定義してシリアライズを高速化 クラスター内の CPU が全部同じアーキテクチャであれば、コンパイル時に -DBOOST_MPI_HOMOGENIUS オプションを付け加えてコンパイルすると MPI_PACK, MPI_UNPACK しないでバイナリイメージのまま送って…

最近 I/O がクリティカルな計算が多いので、DELL PowerEdge C2100 (Xeon X5650×2, 96GB)に SATA ディスクを積めるだけ積めて I/O のスピードをがんばってみました。ずっと前にベンチマークを取ったのですが、忘れないようにメモを blog に上げておきます。LS…

blogを開設した割に何も書いていないじゃないか、何か発信しろ、というほうぼうからの圧力に負けて blog にちょこちょことメモを書いていきたいと思います。短いものは twitter に書いてしまうのでこっちには多少まとまった文章を書くことを想定してます。た…